종합소득세를 신고하지 않으면 여러 가지 불이익을 받게 됩니다. 
 
[1. 각종 세액공제 및 감면을 받을 수 없게 됩니다. ]
배당금, 의료비, 교육비, 기부금, 월세 납부액, 현금영수증 등 각종 세액공제를 받을 수 없습니다. 또한 자녀장려금 등 여러 가지 지원 정책에 신청할 수 없게 됩니다.
 
[2. 20% 이상의 가산세를 부담하게 됩니다.]
무신고 가산세가 부과되는데, 일반무신고는 납부세액의 20%, 부정무신고는 납부세액의 40%가 부과됩니다.
그리고 종합소득세 납부가 지연되면 납부지연가산세가 부과됩니다. 미납 도는 미달된 납부세액에 미간기간과 0.022%를 곱하여 가산세액이 더해집니다.
 
[3. 건강보험료가 증가합니다.]
5월 종합소득세 신고 완료 후 8월에 이를 기반으로 건강보험료가 산정됩니다. 이대 종합소득세 무신고자는 국세청이 정확한 소득을 확인할 수 없기 때문에 소득금액을 높게 책정합니다.
이에 따라 건강보험료도 평소보다 높게 부과됩니다.